Музей археологии Санкт-Петербурга был создан 3 июля 2023 года как филиал Государственного музея истории Санкт-Петербурга. Его учреждение было инициировано Поручением Президента В. В. Путина № Пр–133 от 28.01.2021.  

Офис Музея археологии Санкт-Петербурга временно располагается в Невской куртине Петропавловской крепости. Постоянная экспозиция музея запланирована в Меншиковом бастионе Петропавловской крепости на территории выявленного объекта культурного наследия «Вал деревоземляной крепости 1703 года» на объекте «Шпиц Меншикова бастиона Петропавловской крепости».

В настоящее время команда музея занимается созданием временных выставок и участвует в общегородских культурно-просветительских мероприятиях. Двери музея открыты для слушателей и участников конференций, для посетителей лектория и мастер-классов.

Временные экспозиции:

• «Археология Петербурга. Начало» (2023–2024)
• «Фрагменты археологии Петербурга» (2023–2024)
• «Петербург. Лето 1703 года (2024–2025)